Ein manipulus ist eine Handvoll, ein Bündel und kommt von den beiden Wörtern manus (Hand) und einem Verb *plere, das man zwar erschließen kann, das aber nicht vorkommt.
Manipulus bedeutet außerdem eine kleine Schar Soldaten, und ich vermute, dass daraus (möglicherweise im Mittelalter) ein Verb gebildet wurde, was bedeutet, diese Soldatenschar zu lenken. Daher dann die Bedeutung, die wir kennen.